Prince-Boateng ký hợp đồng cho mượn với Borussia Dortmund vào tháng 1 năm 2009 sau 18 tháng khó khăn tại Tottenham Hotspur. Anh đã gây ấn tượng trong 10 lần ra sân và giúp Dortmund giành được vị trí thứ sáu trong mùa giải đầu tiên của Klopp ở câu lạc bộ.

Nhớ lại khoảng thời gian của mình tại Dortmund, Prince-Boateng đã nói về mối quan hệ tốt đẹp của anh với Klopp: "Khi họ thông báo rằng tôi đến Dortmund, người hâm mộ đã chỉ trích câu lạc bộ, như 'Tại sao lại mang về người đó? Có thấy những gì anh ta đã làm ở Tottenham không?'"

"Vì vậy, Klopp đã đứng dậy trong buổi họp báo và nói: ‘Tôi đã đưa cậu ấy đến đây, tôi sẽ biến cậu ấy thành cầu thủ mà cậu ấy vốn là'."

"Tôi đã nói rằng tôi sẽ cống hiến cả cuộc đời mình cho ông ấy. Mọi cầu thủ sẽ chết vì ông ấy trên sân vì ông ấy mang đến cho bạn cảm giác tự tin, cảm giác yêu thương đó. Tôi cần sự tin tưởng vì sau Martin Jol và Juande Ramos, không ai tin vào tôi nữa. Tôi không tin vào chính mình - tôi đã bỏ cuộc."

"Ông ấy là một nhân vật rất quan trọng trong sự nghiệp của tôi, mọi chuyện không thành công. Ông ấy gọi riêng cho tôi và nói rằng họ không thể mua được tôi, họ không có tiền. Cả hai chúng tôi đã khóc trên điện thoại. Chúng tôi đã có một mối quan hệ rất tốt kể cả sau này. Ông ấy là một người thầy, người cha, người HLV trên cả tuyệt vời"